MG336 é uma sequencia codificadora identificada no genoma de Mycoplasma genitalium
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Exercício
agctcctgct tagggcatgt aggagacctg gtcagcagca tctccatctt tctgcagctt gaccctcaac accaaccatg ggcatatcct ggtggattac tccaagaacc tggtgacgga ggacgtgatg cggatgctgg tggacttggt aatgttctgc ttggggaggc ataactggta accgacagag tggtgggtga gctgggctct gggagtccca ggaccttgag tatcttgagt tcttcctctc attagacctc agtcacctcc tctgtgctgg tgaggcacct gtccctggct taggttctaa gcagcatccc agggacccca gtgtctgatg tctgagtaga cccttcccag acagcagggg agggaaccga gcagcagccg tctgtctgtc tcattgggga cagcaccaag ccttgtgttt gggggctgac acttggggtg gccagtgtgg gtgggaccag gcctcagtat cgtctcttcc taggccaagt ccaggg a) Qual é o nome, substrato e produto da enzima?
GCGTTGCTGGCGTTTTTCCATAGGCTCCGCCCCCCTGACGAGCATCACAAAAATCGACGC GGTGGCGAAACCCGACAGGACTATAAAGATACCAGGCGTTTCCCCCTGGAAGCTCCCTCG TGTTCCGACCCTGCCGCTTACCGGATACCTGTCCGCCTTTCTCCCTTCGGGAAGCGTGGC TGCTCACGCTGTACCTATCTCAGTTCGGTGTAGGTCGTTCGCTCCAAGCTGGGCTGTGTG CCGTTCAGCCCGACCGCTGCGCCTTATCCGGTAACTATCGTCTTGAGTCCAACCCGGTAA AGTAGGACAGGTGCCGGCAGCGCTCTGGGTCATTTTCGGCGAGGACCGCTTTCGCTGGAG ATCGGCCTGTCGCTTGCGGTATTCGGAATCTTGCACGCCCTCGCTCAAGCCTTCGTCACT CCAAACGTTTCGGCGAGAAGCAGGCCATTATCGCCGGCATGGCGGCCGACGCGCTGGGCT GGCGTTCGCGACGCGAGGCTGGATGGCCTTCCCCATTATGATTCTTCTCGCTTCCGGCGG CCCGCGTTGCAGGCCATGCTGTCCAGGCAGGTAGATGACGACCATCAGGGACAGCTTCAA CGGCTCTTACCAGCCTAACTTCGATCACTGGACCGCTGATCGTCACGGCGATTTATGCCG CACATGGACGCGTTGCTGGCGTTTTTCCATAGGCTCCGCCCCCCTGACGAGCATCACAAA CAAGTCAGAGGTGGCGAAACCCGACAGGACTATAAAGATACCAGGCGTTTCCCCCTGGAA GCGCTCTCCTGTTCCGACCCTGCCGCTTACCGGATACCTGTCCGCCTTTCTCCCTTCGGG CTTTCTCAATGCTCACGCTGTAGGTATCTCAGTTCGGTGTAGGTCGTTCGCTCCAAGCTG ACGAACCCCCCGTTCAGCCCGACCGCTGCGCCTTATCCGGTAACTATCGTCTTGAGTCCA ACACGACTTAACGGGTTGGCATGGATTGTAGGCGCCGCCCTATACCTTGTCTGCCTCCCC GCGGTGCATGGAGCCGGGCCACCTCGACCTGAATGGAAGCCGGCGGCACCTCGCTAACGG CCAAGAATTGGAGCCAATCAATTCTTGCGGAGAACTGTGAATGCGCAAACCAACCCTTGG CCATCGCGTCCGCCATCTCCAGCAGCCGCACGCGGCGCATCTCGGGCAGCGTTGGGTCCT
6) O gene de C. elegans SMA-4 é um membro da família dos genes de nanismo, que exerce um papel na transdução de sinal mediada por TGF. Com o objetivo de identificar homólogos potenciais em outras espécies, use o BLASTp para executar uma busca contra a base de dados de proteínas não redundante (nr) usando a SMA-4 (cód, acesso P45897) como a seqüência “problema”. Encontre todas as proteínas de galinha (Gallus gallus) que sejam similares à SMA-4. (Use o link do “Taxonmy Reports” na parte superior esquerda do gráfico para ajudar a encontrar as proteínas de galinha). Agora execute a pesquisa novamente e restrinja para proteínas de G. gallus através da opção de busca avançada. Que proteínas são encontradas? Compare os valores de expectativa destes resultados aos que foram encontrados contra o “nr” sem a restrição de organismo. Por que os valores de E são diferentes para as mesmas pontuações (scores) e alinhamentos? 7) Vamos pesquisar sobre o gene BRCA1, que é um gene bastante conhecido envolvido no câncer de mama. Esse gene pertence a uma classe de genes conhecida como supressores de tumor. Como muitos outros genes dessa classe, BRCA1 regula o ciclo da divisão células impedindo as células de crescer e se dividirem muito rapidamente e de modo descontrolado.
- Entre em http://au.expasy.org/sprot Na caixa de busca no topo da página principal, entre com “BRCA1 HUMAN”. A busca retorna 13 proteínas relacionadas no Swiss-Prot e 53 entradas no TrEMBL. Entre as 13 listadas pelo Swiss-Prot, 4 são “associadas” com a BRCA1, 3 “interagem” com a BRCA1 e 2 são “vizinhas” da BRCA1. Somente uma das proteínas listadas é codificada pelo gene BRCA1, a proteína da suscetibilidade a câncer de mama do tipo1. a) Qual o número de acesso da proteína feita pelo gene BRCA1 humano? Vamos começar a anotar os dados coletados nessa pesquisa. É interessante datar os resultados (porque os dados no Swiss-Prot são constantemente atualizados). Anote os números de acesso e o nome das proteínas listadas que “interagem” e que se “associam” com a BRCA1. b) Sugira outro termo de busca para a BRCA1 no Swiss-Prot baseado nos sinônimos conhecidos. Faça uma busca usando o sinônimo. Quantas entradas são obtidas na busca? Clique no link para a BRCA1 HUMAN. Em “Interaction”, dentro da seção “Comments” observe os números de acesso. Comparando esses números com os dados previamente anotados percebe-se que a lista está incompleta. c) Quais proteínas já estão anotadas? Anote as faltantes. II – Cross-references no Swiss-Prot Na seção “Cross References” existem quatro links para visões gráficas da estrutura, o InterPro, Pfam, PROSITE e o ProDom. Navegue por eles. O InterPro mostra o melhor palpite de quais seriam os principais domínios da proteína no topo da página. Logo embaixo há uma tabela com os diferentes métodos usados pra chegar a essa conclusão. O Pfam mostra uma figura mais detalhada dos domínios no BRCA1. d) Quantos domínios conservados existem? Quais são eles? III – Features no Swiss-Prot Na seção “Features” há a VARIANT 22 22 (VAR 007756). e) Por que essa variação é importante? O que varia? f) Dê um artigo relacionado ao estudo da VARIANT 22 22. |
